10 qershorin e vitit 1999, makthi i Kosovës do të merrte fund.
Lufta ndaj saj do të përfundonte falë një fushate intensive bombardimesh të NATO-s në Serbi, aksioni i parë ky i aleancës së atlantikut verior pa një mandat të OKB, që iu dha fund vrasjeve, mizoreve dhe shpërnguljes së detyruar të shqiptarëve, por ndërhyrja mbeti e diskutueshme. Konflikti përfundoi pas 78 ditë bombardimesh ajrore të NATO-s.
Në të njëjtën ditë, Këshilli i Sigurimit i OKB-së miratoi Rezolutën 1244, sipas së cilës në Kosovë u dërguan trupat paqeruajtëse të KFOR-it nga 36 vende. Në prag të sulmeve ajrore të NATO-s, politikanët perëndimorë, duke përfshirë presidentin amerikan Bill Clinton në veçanti, e kishin akuzuar vazhdimisht Serbinë për planifikimin e gjenocidit në Kosovë.
NATO nuk kërkoi një mandat të OKB-së për këto bombardime, sepse ekzistonte dyshimi se do të kishte dështuar për shkak të rezistencës nga Rusia dhe Kina në Këshillin e Sigurimit të OKB-së. Për koalicionin e atëhershëm të qeverisë gjermane të përbërë nga socialdemokratët (SPD) dhe ekologjistët, pjesëmarrja në luftë me disa avionë luftarakë ishte një vendim delikat. Pacifistët dhe mbështetësit e ndërhyrjes ishin kundër njëri-tjetrit në Gjermani. DW kujton sesi i ashtuquajturi “plani patkoi” i Serbisë -për dëbimin e shqiptarëve nga Kosova- ishte kthyer në mjetin që duhet t’i jepte qeverisë federale justifikimin e nevojshëm për pjesëmarrjen gjermane në luftën e Kosovës.
Plani për të cilin flitej se ekzistonte në Beograd, kishte për qëllim të dëbonte popullsinë shqiptare përtej kufirit jugor të Kosovës në Shqipëri. Zyrtarisht nuk është konfirmuar nëse ky plan ka ekzistuar në të vërtetë. Por është e padiskutueshme se qindra mijëra shqiptarë të Kosovës u larguan ose u dëbuan nga shtëpitë e tyre dhe kaluan në radhë të parë në Shqipëri e Maqedoni.
Përfundimi i luftës u rregullua me dy akte juridike ndërkombëtare: Marrëveshjen Teknike-Ushtarake në Kumanovë më 9 qershor 1999, një qytet në atë që sot quhet Maqedonia e Veriut, që parashikonte tërheqjen e ushtrisë jugosllave dhe forcave serbe nga Kosova, kalimin e përgjegjësisë së sigurisë së rajonit në duart e NATO-s dhe çarmatimin e UÇK-së, dhe rezolutën Rezolutën 1244, të Këshillit të Sigurimit, të njohur edhe si Rezoluta e Kosovës, e cila formoi bazën ligjore ndërkombëtare për zgjidhjen e krizës së Kosovës, por që linte paqartësi mbi statusin përfundimtar të saj.
Kosova e shpalli pavarësinë nëntë vjet më vonë, më 17 shkurt 2008, dhe tani njihet nga rreth 115 nga 192 shtetet anëtare të OKB-së.